加工區(qū)入境貨物的減免稅政策基本是參照保稅區(qū)現(xiàn)有政策制定，沒有新的優(yōu)惠。但有以下幾個方面的區(qū)別：
1.在功能上，加工區(qū)的功能單一，僅限于產(chǎn)品外銷的加工貿(mào)易，但區(qū)內(nèi)或設(shè)立少量為加工企業(yè)生產(chǎn)提供
服務(wù)的倉儲企業(yè)以及經(jīng) 海關(guān) 核準(zhǔn)專門從事加工區(qū)內(nèi)貨物進(jìn)出的運(yùn)輸企業(yè)。
2.國內(nèi)原材料、物料等進(jìn)入加工區(qū)視同出口， 海關(guān) 按照以出口貨物的有關(guān)規(guī)定辦理報關(guān)手續(xù)，并簽發(fā) 出口退稅 報關(guān)單 。區(qū)外企業(yè)憑 報關(guān)單 出口退稅 聯(lián)及有關(guān)憑證向稅務(wù)部門辦理出口退（免）稅手續(xù)。
3.對加工區(qū)運(yùn)往區(qū)外的貨物， 海關(guān) 按照對進(jìn)口貨物的有關(guān)規(guī)定辦理報關(guān)手續(xù)，并按制成品征稅。
4.國家對區(qū)內(nèi)加工出口的產(chǎn)品和應(yīng)稅勞務(wù)免征增值稅、消費(fèi)稅。
